Caracterización transcriptómica de bacterias relacionadas con eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin carcinoma escamocelular oral

Resumen

Objetivo. Caracterizar la expresión génica de 40 especies bacterianas compatibles con procesos de eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin OSCC Material y Método. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal en muestras de placa y saliva de 10 pacientes con OSCC y 10 sin OSCC con géneros y edades similares, mínimo 4 dientes en boca. ARN total fue extraído y secuenciado mediante HiSeq™ 2500 de Illumina. Se analizaron secuencias con herramientas bioinformáticas (trimmomatic, SortMeRNA, BMTagger, RNA-Seq, bowtie2 y kraken2) y bases de datos (PATRIC, CARD, VICTORS). Resultados. El grupo de eubiosis S. macedonicus, S. lutetiensis, S. infantarius, S. parauberis, L. helveticus, T. intermedia, S. novella y E. asburiae expresaron 169 genes, y el grupo de disbiosis L. pneumophila, M. hominis, M. conjunctivae, G. vaginalis, C. canimorsus, P. stuartii expresaron 76 genes, la actividad transcripcional se relacionó con metabolismo de carbohidratos, nucleótidos, aminoácidos y energía, que a su vez se asoció con resistencia a antibióticos, factores de virulencia, blancos de medicamentos y transporte. Conclusión. La actividad transcripcional de S. macedonicus, S. infantarius, S. lutetiensis, S.pasteurianus, S. parauberis, C. violaceum y S. novella se asocia con procesos de eubiosis y T. intermedia y P. stuartii con procesos de disbiosis.